Corso a.a. 2007/2008

Lezione 6 marzo Introduzione al corso. Metodologie del calcolo scientifico. Introduzione a Matlab.
Lezione 13 marzo Calcolo su matrici: matrici simmetriche, matrici diagonali, matrici parametriche rispetto a un vettore, matrici triangolari e tridiagonali. Algoritmo di Strassen per il calcolo del prodotto di matrici.
Lezione 14 marzo MATLAB: istruzioni plot, subplot, esercizi sulla definizione di matrici e sulle operazioni supportate da MATLAB, algoritmo di Strassen per il prodotto di matrici.
Lezione 27 marzo Moltiplicazione tra matrici in un sistema biprocessore a memoria distribuita. Tecniche di memorizzazione di matrici e sparse e operazioni su di esse. Il formato COO. Il formato skyline: matrici simmetriche.
Lezione 28 marzo MATLAB: istruzioni per matrici sparse (dispensa prof.ssa Ruggiero), esercizi su prodotto matrice-vettore con matrice nel formato COO.
Lezione 3 aprile Il formato skyline: matrici generali (non simmetriche). Il formato CSR (Compressed Sparse Row). Introduzione alla dinamica molecolare. Modello legge di Hooke: forze di interazione tra particelle modellate secondo la legge di Hooke
Lezione 11 aprile MATLAB: istruzioni per grafica 2D e grafica 3D (dispense prof.ssa Ruggiero). Esercizio: poligonale tra punti casuali nel piano, senza intersezioni. Esercizio: prodotto matrice vettore nei formati skyline e CSR (o CSC, compressed sparse column).
Lezione 17 aprile Dinamica molecolare. Modello di Lennard-Jones: forze di interazione repulsivo-attrattive. Equazioni del moto nei modelli di Hooke e Lennard Jones. Soluzione numerica delle equazioni del moto tramite il metodo di Eulero.
Lezione 18 aprile MATLAB: esercizi da completare.
Lezione 24 aprile Dinamica molecolare: soluzione numerica delle equazioni del moto tramite il metodo delle differenze finite (metodo di Verlet). Modello delle sfere rigide. Equazioni del moto e schema di calcolo delle traiettorie e delle velocità.
Lezione 8 Maggio Tomografia computerizzata. Introduzione.
Lezione 9 Maggio MATLAB: discussione esercizi di dinamica molecolare.
Lezione 15 Maggio Tomografia computerizzata. Ill metodo di retroproiezione filtrata.
Lezione 16 Maggio MATLAB: discussione esercizi di dinamica molecolare.
Lezione 29 Maggio Tomografia computerizzata. Ill metodo di retroproiezione filtrata. La Fast Fourier Transform.
Lezione 30 Maggio MATLAB: animazioni e istruzione movie.

Articoli per l'esame:

• Motion - scelto da Riccardo Focacci
• Parallel Backprojection vedi anche il link originale - scelto da Riccardo Genzone
• MolDynTransputer - scelto da Andrea La Rosa
• FFTC-HiPC2007 - scelto da Ariona Shashay
• ParMolDyn
• introMolDyn

-- AnnalisaMassini - 19 Mar 2009