#!/usr/bin/perl -w

use strict;

print "Inserisci il nome del file da leggere :";

# definiamo il nome del file da leggere
my $filename = <STDIN> ; # 'NM_021964fragment.pep' ;

# elimino l'ultimo carattere (accapo) dalla riga letta
chomp $filename;

# controlliamo se il file esiste davvero
if ( ! -e $filename ) {
	print "Il file $filename non esiste\n";
	exit;
}

# apriamo il file per leggerne il contenuto
if ( ! open( FILEDNA, $filename) ) {
	print "Non posso aprire il file $filename in lettura\n";
	exit;
}

# modo alternativo di aprire il file e di mandare un messaggio di errore 
# se il file non può essere aperto
# open( FILEDNA, $filename ) or die "Il file $filename non esiste";

# definisco una variabile che contiene il DNA
my @DNA = <FILEDNA> ;  # 'ACTGCTAGTCC' ;

# chiudiamo il file (non ne abbiamo più bisogno)
close( FILEDNA );

# la stampo
print "DNA letto dal file:\n" , @DNA , "\n" ;

# elimino l'ultimo carattere (accapo) da ciascuna riga
chomp @DNA;

# concateno le righe per costruire una sola
my $DNA = join( '', @DNA );

print "DNA concatenato:\n", $DNA, "\n" ;

my @basi = split // , $DNA;

my %conteggio;

#  per ogni elemento della lista di basi
   # estraggo l'elemento dalla lista
   # cerco se la riga corrispondente esiste nella tabella
      # se esiste allora ne aumento il valore di 1
      # altrimenti inserisco na nuova riga con valore 1

my $lettera;      
foreach $lettera ( @basi ) 
{
	if (exists $conteggio{ $lettera }) 
	{
		$conteggio{ $lettera } += 1 ;
	}
	else
	{
		$conteggio{ $lettera } = 1 ;
	}
}      

# per ogni nome di riga della tabella
	# stampo il nome della riga seguito dal valore della riga
my $chiave;
my $somma = 0;
foreach $chiave (keys %conteggio) {
	$somma += $conteggio{ $chiave };
	print $chiave, " = ", $conteggio{ $chiave }, "\n";
}

print "Totale = $somma\n" ;