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Appunti/programma delle lezioni del 2005

Lezione 1 (svolta)
- programmare in Perl
- variabili, liste
- uso del debugger
- scrittura di un programma per il calcolo della sequanza complementare inversa di una sequanza data
- scrittura di un programma per il conteggio delle basi in una sequenza
Lezione 2 (svolta)
- Uso dei files
- uso degli array e delle hashtables
- scrittura di un programma per leggere da file una sequenza
- scrittura di un programma per contare le occorrenze delle basi in una sequanza usando una hashtable
Lezione 3
- scrittura in un file
- Funzioni e subroutines
- scoping delle variabili
- funzioni ricorsive
- espressioni regolari
- scrittura di un programma per il conteggio delle basi usando 'tr'
- scrittura di un programma per la ricerca di parti di sequenza usando espressioni regolari
- esempio di scrittura in un file
- esempio di passaggio di parametri a una funzione
- esempio di funzione ricorsiva
Lezione 4
- la programmazione ad oggetti in perl
- la libreria BioPerl
Lezione 5
- ...
Lezione 6
- ...

-- AndreaSterbini - 18 Mar 2005

Topic attachments
I	Attachment	History	Action	Size	Date	Who	Comment
pdf	Bioperl.pdf	r1	manage	143.1 K	2005-07-28 - 10:05	AndreaSterbini	Slides su BioPerl
pdf	OOP-in-Perl.pdf	r1	manage	980.1 K	2005-07-28 - 10:04	AndreaSterbini	Slides sulla programmazione a oggetti in Perl
pl	cerca-pattern.pl	r1	manage	0.7 K	2005-03-18 - 17:11	AndreaSterbini	lezione 3 - carca pattern in una stringa
pl	conta-con-tr.pl	r1	manage	2.0 K	2005-03-18 - 17:11	AndreaSterbini	lezione 3
pl	dna-2.pl	r1	manage	1.8 K	2005-03-18 - 12:36	AndreaSterbini	Lezione 2 - conteggio delle basi da un file
pl	dna.pl	r1	manage	0.6 K	2005-03-18 - 12:33	AndreaSterbini	Lezione 1 - calcolo del transcritto inverso di DNA
pl	fattoriale.pl	r1	manage	0.5 K	2005-03-18 - 17:13	AndreaSterbini	lezione 3 - funzione ricorsiva
pl	passaggio-argomenti.pl	r1	manage	1.1 K	2005-03-18 - 17:13	AndreaSterbini	lezione 3 - passaggio argomenti per valore e rif.
pl	prova_primer3.pl	r1	manage	1.2 K	2005-05-19 - 17:00	AndreaSterbini	Esempio di uso di Primer3
pl	scrivi-file.pl	r1	manage	2.1 K	2005-03-18 - 17:12	AndreaSterbini	lezione 3 - scrittura in un file
dna	small.dna	r1	manage	0.1 K	2005-03-18 - 12:34	AndreaSterbini	dati di esempio (una piccola sequenza di DNA)